Die „neue“ Orgel aus dem Jahr 1997 - mit 31 Registern und rund 1.750 Pfeifen, hatte von 1962 bis 1996 ihren Platz in der Stephansstift-Kirche zu Hannover Kleefeld.
Dort als Orgel mit Oberwerk konzipiert, musste beim Einbau in die St. Markus-Kirche aus Platzgründen das Oberwerk zum Rückpositiv umgebaut werden.
Die Pedalladen wurden in zwei separaten Gehäusen rechts und links neben dem Rückpositiv platziert. Die Mechaniken, völlig neu erstellt, laufen unter dem Emporenfußboden.
Ganz bewusst ist für den modernen Kirchenraum der 60er Jahren die Orgel mit klassischem Prospekt im süddeutschen Stil des späten 18. Jahrhunderts gewählt worden.
Um- und Einbau der Orgel erfolgten von Februar bis September 1997 durch die Orgelbauwerkstatt Amadeus Junker aus Meinersen. Die Weihe der Orgel fand am Dritten Advent, 14. Dezember 1997 statt.
Neben den 31 Registern verfügt die Orgel über drei Koppeln, die es ermöglichen, das Hauptwerk mit dem Pedal, das Rückpositiov mit dem Pedalwerk und das Hauptwerk mit dem Rückpositiv zu verbinden.
Klaus Richter, pensionierter Studienrat aus St. Wendel, der unsere Orgel seit vielen Jahren sehr zur Erbauung der Gemeinde gespielt hat, ist am 27. Juni 2010 im Alter von 77 Jahren verstorben. In seinen persönlichen Unterlagen findet sich ein kleiner Zettel handschriftlich. Kein Geringerer als der Kirchenvater Hieronymus (331-420) kommt zu Wort: „Wir wollen nicht trauern, dass wir ihn verloren haben, sondern dankbar sein dafür, dass wir ihn gehabt haben, ja, auch jetzt noch besitzen, denn wer heimkehrt zum Herrn bleibt in der Gemeinschaft der Gottesfamilie und ist nur voraus gegangen“.